Esta situado en la parte posterior de la nave central y se encuentra sobre gradas, tres tamos de dos peldaños cada uno. Se halla escoltando por cuatro machones y en el techo una bóveda elíptica realizada a mediados del siglo XVIII. Los cuatros ángeles y ochos serafines que se hallan en la pechinas y arcos son obra del escultor José de Medina.
En el presbiterio destaca el tabernáculo, obra también de mediados del siglo XVIII, de Pedro de Duque Cornejo. El “Catalogo Monumental de la Ciudad de Jaén y su termino” lo clasifica como una obra de exuberante barroquismo, describiéndola así: “lo forma un cuerpo de estípites, rematado en un óvalo de factura rococó. Encima un manifestador de planta octógona con columnas pareadas dispuesta al bies, corintias y entorchadas, concluyéndose en un bello remate poligonal en cuyo dos frentes van los relieves de la Santa Cena y el Lavatorio de los pies”.
El tabernáculo iba provisto de cuatro evangelista que se extraviaron en la Guerra Civil, sólo se consiguió recuperar un San Mateo.
